Nat Biotechnol：研究没法重复？可能是HeLa细胞系“变”了

HeLa线粒基底已经在欧美的许多检验室培育出新了有约70年，并且长期以来被显然是无限原材料的不坏的相异线粒基底。然而，2月18日发表在《Nature Biotechnology》Magazine上的一项新研究课题暗示，线粒基底在各不相同检验室二者之间存有很大差别，这招致了对线粒基底另有研究课题减法性的质疑。“我很高兴想到这项研究课题，但在某种象征意义上我并不倍感惊讶，”安德森凯特莎癌症之前心的遗传学家Prasad Jallepalli说，他从未参与这项研究课题。这并不是HeLa线粒基底另有自诞生以来第一次出新现新颖的报道：过往，其他研究课题工作组也证明了HeLa线粒基底坏异基底二者之间在基因序列和RNA隐含的显着差别。这项最新研究课题首次全面分析了各种HeLa坏异基底的遗传坏异（各不相同批次的HeLa线粒基底另有贫困在欧美的各个检验室），并且首次证明遗传差异性导致了蛋白质隐含和遗传的坏化。HeLa线粒基底“坏了”？在这项研究课题之前，研究课题管理人员从6个国家的13个检验室收集了14份HeLa样品，并在相异的检验室必须下进行培育出新。他们首先分析了基因拷贝数坏异，揭示了它们基因组二者之间的显着差别。结果发现，HeLa坏异基底二者之间，值得注意是CCL2和Kyoto坏异基底二者之间存有着巨大的差异性。再进一步的分析暗示，许多这些遗传差别转化为mRNA也许的坏化，并且在较小高度上转化为蛋白质丰度的坏化。研究课题管理人员报告说，HeLa CCL2和Kyoto线粒基底另有的转录组和蛋白质组谱彼此二者之间的差别，就像来自两种各不相同型式组织的癌线粒基底另有二者之间的差别一样。HeLa坏异基底在培育出新现实贫困之前土壤速度也各不相同，一些线粒基底群并不需要17.5两星期才能大幅提高，而另一些线粒基底在相异的培育出新必须下并不需要话费超过32两星期。它们对致病病菌的反应也有所各不相同：与其他两种坏基底相比，一种坏基底对病菌的敏感性较低，研究课题管理人员将其也许低水平的蛋白质多肽，这种蛋白质多肽在细菌离开寄生虫线粒基底之前起起到。在一项另行的检验之前，研究课题工作组通过培育出新线粒基底另有三个月，来观察HeLa坏异基底的基因隐含前提亦会随着短时间保持一致。研究课题管理人员记录了最初线粒基底和中期线粒基底二者之间基因隐含差别大约6%。法兰克福联邦理工学院大分子另有统生物学研究课题所的Ruedi Aebersell教授是该研究课题的合着者，他说，“即使在同一个检验室里，这些线粒基底的差别和坏化速度也是非常惊人的。”他大约，如果一个研究课题生在项目开始时用HeLa线粒基底另有做了一个检验，并在六个月后被要求减法这个检验，他们不太亦会得到各不相同的结果。关于研究课题之前的“可复制性困境”的讨论大多数集之前在检验设计、数据分析方面的有缺陷，以及作为主要驱动因素的受污染或贴错字句的线粒基底另有。但是Aebersell显然，HeLa线粒基底另有和癌线粒基底另有的生物学差别不太可能是关键。为什么亦会“坏”？耶鲁大学的线粒基底生物学家Tim Stearns显然有几个不太可能的原因可以说明为什么线粒基底另有在长短时间培育出新下亦会保持一致。首先，HeLa线粒基底是已知基因组不稳定的癌线粒基底，因此很不太可能随短时间随机突坏。此外，它们还亦会在检验室之前受到各种土壤必须的影响，这不太亦会促使线粒基底演化出新出新独特的特质。例如，他说，哺乳动物线粒基底的培育出新包括将其培育出新到充满一个培育出新皿为止，从培育出新皿之前选取一部分线粒基底，然后将它们放于另一个培育出新皿之前土壤，这一现实贫困称为分裂。“每个人做这件公事的方式都看似各不相同，”他说道。最新这些发现，对于人类文明培育出新线粒基底的研究课题结果的说明和重现性有一定的象征意义。Aebersell和他的同公事在论文之前设想新了几个具基底的解决方案。首先，研究课题管理人员某种高度可用癌线粒基底另有的最初传代，并保证在同一线粒基底另有的各不相同样品之前减法同一线粒基底另有的检验。更重要的是，生物学家某种高度清楚地报告他们在给定的研究课题之前可用的线粒基底另有坏异基底。